Fueron reutilizadas a lo largo del tiempo por lo que en escasas de ellas aparecen inhumaciones compoletas.
Hoy ha sido dado a conocer el informe de resultados de la excavación y control arqueológicos vinculados al Proyecto de Ejecución y Estudio Básico de la Obra de Recuperación de la Iglesia de Santa Clara en Soria, promovido por el Ayuntamiento de la capital.
Los trabajos han sacado a la luz el cementerio existente en el subsuelo del coro. Del primitivo edificio medieval, que fue reconstruido completamente en el siglo XVI, se han documentado unos revocos aparecidos en los muros norte y oeste que presentan ‘falsa sillería’ pintada con líneas negras. Los hallazgos materiales vinculados con la ocupación más antigua corresponden a tres blancas de Juan II de 1405-1454, el resto de la numismática documentada nos lleva a una cronología de finales del siglo XVI al XIX.
La excavación realizada tras el desescombro y derribo de los forjados y estructuras localizó el muro de separación entre nave y coro así como tres niveles de solado correspondientes a las distintas reformas acometidas en el edificio, uno del siglo XVI; el segundo pavimento tiene una fecha grabada de 1756; y el primero corresponde al último uso del edificio como iglesia antes de convertirlo en cuartel en 1834. Hay que reseñar la presencia de silos o basureros de época medieval previos a la construcción del templo y también han aparecido numerosos objetos metálicos en las tumbas, entre los que destaca un gran número de alfileres de bronce usados en las mortajas de las monjas así como cuentas de rosario y medallas de bronce de los siglos XVII y XVIII.
Se han documentado una cuarentena de fosas funerarias que fueron reutilizadas a lo largo del tiempo, por lo que en pocas de ellas aparecen inhumaciones completas. También se han documentado evidencias funerarias en el exterior del edificio.
La fundación del edificio parece corresponder al siglo XIII, aunque del primitivo edificio parece que apenas quedan huellas ya que fue reconstruido en el siglo XVI. Un plano de 1835 muestra la estructura conventual, aunque de las estructuras originales además de alguna evidencia del claustro solo subsiste la iglesia ya que sufrió una gran modificación al ser utilizado como instalación militar.
Llama la atención su gran altura y así como su bóveda de crucería y las amplias proporciones, que superan la de la mayoría de las Iglesias sorianas.
Previamente al derribo de las plantas se han realizado una serie de catas murarías que han deparado resultados bastante homogéneos. Por un lado, la fábrica de sillería utilizada en la cabecera y la mampostería del resto de la nave enlucida con mortero de cal con pintura de despiece falso de sillares pintado en tonos claros. La cronología no se puede definir con claridad, pero podría corresponder a la gran reforma del siglo XVI.
Las siguientes capas corresponden a la época moderna, al uso de la iglesia como cuartel a partir de la primera guerra carlista en 1834. Desde esa fecha la iglesia sufrió muchas remodelaciones sobre todo su compartimentación en diferentes plantas que ha pervivido hasta la actualidad.