La depuración de los espacios naturales se considera como valor especialmente protegible y permite ayudar a pequeños municipios que no disponen de medios suficientes. Se han ejecutado las infraestructuras de Sierra de Gredos, Picos de Europa, Hoces del Río Duratón, Cañón del Río Lobos, La Fuentona, Sabinar de Calatañazor y Lago de Sanabria con una inversión superior a 20 millones de euros.
En estos momentos está en ejecución la obra de depuración de Las Batuecas con un coste superior a 3 millones de euros y están redactados los proyectos de Ojo Guareña, Sierra de la Demanda, Valle de San Emiliano, Hoces de Vegacervera, Las Médulas, Riberas de Castronuño, Montaña Palentina y los Arribes del Duero con una inversión superior a 60 millones de euros.